PC 抽提是去除蛋白質有效的手段，但超過了該飽和度，裂解體系中的蛋白質不會被一次去除，必須靠多次抽提，方可*去除。且每次抽提都會損失部分核酸。另外，體系太粘稠的壞處是，蛋白質難以*去除，以及基因組 DNA 會斷裂得更厲害，所以要注意裂解液與樣品的比例。PC 抽提的另外一個用途是，利用酸性酚可以部分去除 DNA 的特點，在 RNA 抽提時獲得 DNA 殘留極少的 RNA。不過有一點要提醒的是，某些植物樣品，在去除某些雜質之前，是不能使用 PC 抽提的，否則核酸必定降解。PC抽提的優勢是成本低廉，對實驗條件要求較低，對于經費緊張的實驗室較為實用。
二、高鹽沉淀法
高鹽沉淀蛋白質/醇沉淀方法，同樣也是一個非常不錯的方法。與 PC 抽提方法相比，除了純度的穩定性可能要低一點外，該方法幾乎克服了 PC 抽提的所有缺點。更快、更輕松的去除蛋白質所可以用于大規模抽提，但其不足之處是純度 (蛋白質殘留) 不夠穩定，蛋白質的沉淀效率在4℃會更好一些。
